Izdavanje iPhone OS 3.1 update-a za veliku slabu tačku u okviru operativnog sistema dovelo je do toga da je veliki broj iPhone i iPod Touch uređaja postalo nekompatibilno sa Exchange 2007 serverima koji zahtevaju da podaci na uređaju budu enkriptovani, što je standardna procedura koju koriste poslovni korisnici. Drugim rečima, Apple je fundamentalno izdao korisnike iPhone uređaja i poslovne korisnike koji su eksplicitno ili implicitno podržali ovaj uređaj. Zvanični predstavnik kompanije Apple još uvek se nije oglasio povodom ovog događaja niti je naglasio kada će ovaj problem biti rešen.