Beyond Compare 3 je idealni alat za upoređivanje fajlova i foldera u okviru Windows operativnog sistema. Najnovije izdanje koje je objavljeno nosi oznaku Beyond Compare 4.0.6 i sa sobom donosi podršku za importovanje .bcpkg fajlova, zakrpu za SSL/TLS probleme povezivanja, izmenjene sigurne konekcije za upotrebu TLS 1.0-1.2 umesto SSL3 i TLS 1.0, a obezbeđen je i veliki broj zakrpa za ranije primećene slabe tačke, među kojima je i zakrpa za problem koji je ugrožavao pravilno povezivanje sa UNC putanjom bez dozvole, a obezbeđena je i zakrpa za podršku za otkazivanje preuzimanja unapređenja, kao i druga poboljšanja.