Canon je izdao ažurirani firmware za EOS 5D Mk II. Firmware oznake verzije 1.0.7 rešava probleme sa „crnim tačkama“ i vertikalnim trakama koje su imali korisnici koji su koristili firmware 1.0.6. Najnovija verzija firmware-a se može preuzeti sa sajta kompanije Canon. Kompanija takođe ovom prilikom moli korisnike da update-uju i DPP i Picture Style Editor softver. Fenomen crnih tačaka nije vidljiv ukoliko se fotografije gledaju u normalnoj veličini ali postaje uočljiv ukoliko se fotografija uveća iznad 100% veličine ili ukoliko štampate fotografije velikog formata. Vertikalne trake se na fotografijama pojavljuju ukoliko fotografišete u sRAW1 režimu.