Većina alata za defragmentovanje vam omogućava da samo defragmentujete kompletan drive. Defraggler se razlikuje u tome što vam omogućava da specifikujete jedan ili više fajlova, direktorijuma ili kompletan drive da ga defragmentujete. Kada Defraggler zapisuje ili čita fajl on koristi potpuno istu tehniku kao i Windows pa je stoga korišćenje Defraggler-a bezbedno kao i korišćenje Windows-a. Osnovne karakteristike su mogućnosti dodavanja naprednih opcija za unapred zakazano defragmentovanje, dodata podrška za brojne svetske jezike te popravke minornih bug-ova i grešaka.