Najnoviji iPod uređaji imaju određenju vrstu kriptografske zaštite u svojih bazama podataka vezanim za numere koja blokira mogućnost da aplikacije nekih drugih proizvođača budu sinhronizovane sa portabl muzičkim plejerima. To znači da iPod-ovi više neće moći da budu korišćeni sa operativnim sistemima kod kojih iTunes ne postoji – kao što je Linux, gde su gtkpod i Amarok uobičajeni besplatni alati koje koriste vlasnici iPod-ova. Ovo nema nikakve veze sa borbom protiv piraterije, već kompanija Apple jednostavno želi da ograniči dostupne mogućnosti ljudima koji kupe njihov iPod hardver.